Акционерное общество «Национальный инновационный фонд» создано постановлением Правительства Республики Казахстан «О создании акционерного общества «Национальный инновационный фонд» от 30 мая 2003г. №502 со стопроцентным участием государства в уставном капитале.

Фонд создан для повышения общей инновационной активности в стране, в том числе для содействия развитию высокотехнологических и наукоемких производств. Акционеры Фонда - Фонд национального благосостояния "Самрук-Казына" и ГУ "Комитет государственного имущества и приватизации Министерства Финансов Республики Казахстан". Постановлением Правительства №1099 от 20.07.09 АО "Национальный инновационный фонд" передано в доверительное управление Министерству индустрии и новых технологий Республики Казахстан.